Reassessment of the extinction risk status of the ponytail palm Beaucarnea inermis / Reevaluación del riesgo de extinción de la pata de elefante Beaucarnea inermis

Abstract Beaucarnea inermis is an endemic species from Northeast Mexico, in the states of San Luis Potosí and Tamaulipas. It is appreciated as an ornamental plant, so its populations are subject to the poaching of individuals for illegal trade. Previous studies determined that their populations have been affected due to the disturbance since the incidence of anthropogenic activities affects the viability of the species. Here we determine the current conservation status of B. inermis and identify their main risk factor by performing an extinction risk assessment based on the Annex II "Method for Evaluation of Risk of Extinction of Plants in Mexico". We studied 10 populations of B. inermis from protected and non-protected areas in San Luis Potosí and Tamaulipas. We considered the MER criteria: A) geographical distribution characteristics, B) habitat characteristics, C) intrinsic biological vulnerability, and D) impact of human activity. Using field and analyzed data, the MER assessment gives 1.91 points that confirm B. inermis is correctly classified as an Endangered species. The natural protected areas where the species occurs represent cores for its protection; however, the surface of these areas may not be sufficient without biological corridors that connect them.

Resumen Beaucarnea inermis es una especie endémica del Noroeste de México distribuida en los estados de San Luis Potosí y Tamaulipas. Es apreciada como planta ornamental, por lo que sus poblaciones están sujetas al saqueo de individuos para su comercialización ilegal. En trabajos anteriores se determinó que sus poblaciones han sido afectadas debido al disturbio por la incidencia de actividades antrópicas que afectan su viabilidad. En la presente contribución se determina el nivel de riesgo de B. inermis con base en el Anexo Normativo II "Método de Evaluación de Riesgo de Extinción de Plantas en México". Se estudiaron 10 poblaciones de B. inermis en San Luis Potosí y Tamaulipas, tanto en áreas naturales protegidas como en sitios no protegidos. Los criterios MER considerados fueron: A) características de la distribución geográfica, B) características del hábitat, C) vulnerabilidad biológica intrínseca y D) impacto de la actividad humana. El análisis MER arroja un valor de 1.91 que, confirma a B. inermis dentro de la categoría de Amenazada. Las áreas naturales protegidas donde se distribuye la especie funcionan como núcleos de protección, sin embargo, su superficie puede no ser suficiente sin la presencia de corredores biológicos que las conecten.

Osteosintesis asistida con navegación 2D con tornillos iliacosacros percutáneos en lesiones del anillo pélvico posterior / Assisted osteosynthesis with 2D navigation with percutaneous iliacosacral screws in posterior pelvic ring injuries

Introducción: La osteosíntesis percutánea sacroiliaca guiada por radioscopia en lesiones del anillo pélvico posterior sigue siendo la técnica de referencia. Sin embargo, el desarrollo de técnicas como la cirugía asistida por navegación 2D/3D o por tomografía han mejorado la facilidad y seguridad en la colocación de los tornillos. Objetivo: Presentar la técnica de fijación asistida por navegación en 2D y los resultados clínicos y radiológicos obtenidos. Materiales y métodos: Se revisaron 23 pacientes con disrupción del anillo pélvico posterior (luxación y/o fractura sacroiliaca) intervenidos mediante fijación percutánea asistida por navegación 2D (Sistema Synergy de Medtronic®) en el hospital desde 2017 hasta la actualidad. Se recogieron variables demográficas, de clasificación, terapéuticas y las complicaciones derivadas. Se utilizó la escala modificada de valoración POS (Multicenter Study Group Pelvis Outcome Scale) para evaluar el resultado clínico, radiológico y social. Resultados: Ocho pacientes presentaban luxación sacro-iliaca y 15 tenían fractura a través del sacro. Se implantaron 40 tornillos iliacosacros. El tiempo quirúrgico medio fue de 20 minutos para cada tornillo. Fueron necesarios ocho pulsos de radioscopia de media por intervención. Hubo tres tornillos (7.5%) mal posicionados. 15 pacientes obtuvieron un resultado bueno o excelente en el formulario POS. Conclusiones: La técnica asistida por navegación es una alternativa con buenos resultados. Facilita al cirujano la colocación correcta de los tornillos en el corredor óseo sacro, acortando el tiempo quirúrgico y con una menor exposición a radiaciones ionizantes. Es útil para todo tipo de lesiones del anillo y cuando son necesarias maniobras de reducción.

Introduction: Radioscopy-guided percutaneous sacroiliac osteosynthesis in posterior pelvic ring lesions continues to be the reference technique. However, the development of techniques such as surgery assisted by 2D/3D navigation or tomography have improved the ease and safety in screw placement. Objective: To present the 2D navigation-assisted fixation technique and the clinical and radiological results obtained. Materials and methods: 23 patients with disruption of the posterior pelvic ring (dislocation and/or sacroiliac fracture) who underwent percutaneous fixation assisted by 2D navigation (Medtronic® Synergy System) at the hospital from 2017 to the present were reviewed. Demographic, classification, therapeutic variables and resulting complications were collected. The modified POS (Multicenter Study Group Pelvis Outcome Scale) assessment scale was used to evaluate the clinical, radiological and social outcome. Results: Eight patients had sacro-iliac dislocation and 15 had a fracture through the sacrum. 40 iliacosacral screws were implanted. The average surgical time was 20 minutes for each screw. An average of eight fluoroscopy pulses were necessary per intervention. There were three screws (7.5%) incorrectly positioned. 15 patients had a good or excellent result on the POS form. Conclusions: The navigation-assisted technique is an alternative with good results. It makes it easier for the surgeon to correctly place the screws in the sacral bone corridor, shortening surgical time and with less exposure to ionizing radiation. It is useful for all types of ring injuries and when reduction maneuvers are necessary.

Detección de virus de ARN en cultivos de tomate del Oriente Antioqueño mediante secuenciación de alto rendimiento y RT-qPCR / Detection of RNA viruses in tomato fields in eastern Antioquia using high-throughput sequencing (HTS) and RT-qPCR

RESUMEN En Antioquia, el cultivo de tomate (Solanum lycopersicum) se ve afectado por diversas enfermedades virales, que ocasionan la disminución en la calidad de los frutos y de los rendimientos; sin embargo, pocos estudios han identificado, a nivel de especie, los agentes causales de dichas enfermedades. En los últimos años, la secuenciación de alto rendimiento (HTS), se ha convertido en una herramienta eficiente de diagnóstico de fitopatógenos, permitiendo la detección y la caracterización genómica de un alto número de virus, en diferentes plantas. En este trabajo, se evaluó la presencia de virus de ARN infectando tomate var. Chonto del oriente Antioqueño, mediante HTS y RT-PCR, en tiempo real (RT-qPCR), en muestras de tejido foliar y en semillas. El análisis de HTS indicó la infección de los virus Potato virus S (PVS), Potato virus Y (PVY), Potato yellow vein virus (PYVV), Potato virus X (PVX), Southern tomato virus (STV) y Bell pepper endornavirus (BPEV), en los cultivos de tomate de esta región, obteniéndose los genomas completos de PYVV, STV y BPEV. Las pruebas de RT-qPCR indicaron la presencia de PYVV en el 100% de las muestras foliares analizadas, mientras que PVX, PVY, STV y PVS, se encontraron en niveles de 94,4, 77,8, 72,2 y 5,6%, respectivamente. La evaluación de estos virus en lotes de semilla sexual comercial y no comercial y en sus plantas derivadas evidenció la presencia de cinco virus en dicho material, con niveles de prevalencia del 13 al 93% e infecciones mixtas, que incluyeron combinaciones, desde dos a cinco virus.

ABSTRACT In Antioquia, the tomato crop (Solanum lycopersicum) is seriously affected by a wide range of viral diseases that affect yield and the quality of fruits. Despite of this, there are few studies aimed at identifying these viruses at the species level. With the advent of High-throughput sequencing (HTS) methods, it is now possible to achieve an efficient characterization of viruses infecting plant hosts. In this work, the presence of RNA viruses infecting tomato var. Chonto in eastern Antioquia was tested using HTS and Real-time RT-PCR (RT-qPCR) in leaf tissues and seeds. HTS revealed infection with Potato virus S (PVS), Potato virus Y (PVY), Potato yellow vein virus (PYVV), Potato virus X (PVX), Southern tomato virus (STV) and Bell pepper endornavirus (BPEV). Complete genome sequences were obtained for PYVV, STV and BPEV. RT-qPCR showed prevalence of 100%, 94.4%, 77.8%, 72.2% and 5.6% for PYVV, PVX, PVY, STV and PVS in leaf samples, respectively. These viruses were also found infecting commercial and informal seeds and in their seedlings with a prevalence between 13 and 93%. Mixed infections were found to combine a mixture of two to five viruses.

Design of primers for specific detection of Potato Virus Y (PVY) by RT-PCR / Diseño de cebadores específicos para la detección por rt-pcr del potato virus y (pvy)

RESUMEN El Potato virus Y (PVY) es uno de los virus más limitantes para la producción de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo. Este virus es transmitido por tubérculo-semilla de papa y por diferentes especies de áfidos. Para su manejo es fundamental la siembra de tubérculos certificados por su sanidad viral, para lo que se requieren metodologías de detección altamente sensibles como ELISA y RT-PCR. Para éstas últimas pruebas, es necesario disponer de cebadores específicos que permitan el diagnóstico del virus en tejidos asintomáticos. En este estudio se reportan los cebadores PVY_Col para la detección del PVY en RT-PCR convencional y en tiempo real (RT-qPCR). Estos cebadores fueron diseñados con base en las secuencias de este virus que se han reportado en Colombia sobre diferentes hospedantes, así como de las diferentes variantes encontradas en el mundo. Una particularidad adicional de estos cebadores es que no presentan reacción cruzada con el genoma del Potato virus V (PVV), otro potyvirus que recientemente se ha encontrado afectando cultivos de papa en Colombia. Se espera que los cebadores PVY_Col sean utilizados para apoyar los programas de certificación de material de siembra de papa, así como para adelantar estudios epidemiológicos y de manejo fitosanitario de este virus.

ABSTRACT Potato virus Y (PVY) is one of the most limiting viruses in the production of potato (Solanum tuberosum and S. phureja) worldwide. This virus is transmitted by aphids and infected tuber-seeds, and for this reason, disease management of PVY requires, among others, using certified planting material through highly sensitive techniques such as ELISA and RT-PCR. However, RT-PCR-based methods require primers of high specificity to allow the unequivocal detection of viruses in asymptomatic tissues. In this work, we report a new set of primers (PVY_Col) for detection of PVY by RT-PCR and real-time RT-PCR (RT-qPCR). These primers were designed using sequences of PVY isolates from Colombia and the rest of the world. An essential feature of these primers is their specificity, since they don't amplify templates from Potato virus V (PVV), a close PVY relative that also infects potato crops in Colombia. It is expected that the PVY_Col primer set will be useful to support potato seed certification programs, epidemiological studies, and PVY disease management programs.

Mecanismo sensor y de adaptación a los niveles de oxígeno y su implicancia en las enfermedades cardiovasculares: a propósito del Premio Nobel de Fisiología-Medicina 2019 / Role of hypoxia-inducible factor-1 (HIF-1) in the adaptacion to oxygen levels: Nobel Prize in physiology-medicine 2019

RESUMEN: El Premio Nobel 2019 en Fisiología-Medicina se confirió a los Profesores Gregg Semenza, William Kaelin y Sir Peter Ratcliffe por sus investigaciones en la maquinaria molecular que regula la expresión de genes sensibles a los cambios en los niveles de oxígeno. La síntesis de eritropoyetina inducida por la disminución de los niveles sanguíneos de oxígeno condujo al estudio del gen de la eritropoyetina y descubrimiento de los elementos de respuesta a hipoxia (HRE) en la región promotora y posteriormente al factor transcripcional inducible por hipoxia tipo 1 (HIF-1). Este factor consta de dos subunidades: HIF-1α, sensible al oxígeno, y HIF-1β, expresada constitutivamente. HIF1 activa la transcripción de genes que codifican enzimas, transportadores y proteínas mitocondriales que disminuyen la utilización de oxígeno al cambiar el metabolismo oxidativo al metabolismo glicolítico y además aquellos involucrados en la angiogénesis y diferenciación celular. Las investigaciones paralelas en la enfermedad von Hippel-Lindau (VHL), un desorden autosómico dominante, permitieron descubrir el mecanismo de degradación de HIF1 en condiciones de normoxia y como se estabiliza bajo hipoxia. El impacto de HIF en clínica radica en el establecimiento de nuevas dianas terapéuticas para combatir la anemia y diversas enfermedades cardiovasculares. HIF promueve la angiogénesis a través de la expresión del factor de crecimiento vascular endotelial (VEGF), agente cardioprotector con potencial para tratar la isquemia/reperfusión, hipertrofia patológica e insuficiencia cardíaca.

ABSTRACT: The Nobel Prize in Physiology-Medicine was awarded to Drs. Gregg Semenza, William Kaelin and Sir Peter Ratcliffe for their research in the molecular machinery that regulates the expression of genes sensitive to the change in oxygen levels. The synthesis of erythropoietin induced by the decrease levels of oxygen in the blood led to investigate the promoter of the erythropoietin gene where the so-called hypoxia response elements (HRE) were described. Semenza et al. described a protein that binds to HREs and called it hypoxia-inducible transcriptional factor (HIF) that regulates gene expression among those involved in angiogenesis, cell differentiation and glycolytic enzymes. HIF presents two oxygen-sensitive subunits HIF-1α and HIF-1β constitutively expressed. In parallel, Kaelin et al. investigated von Hippel-Lindau disease (VHL), an autosomal dominant disorder, discovering a mutation of this protein generated a behavior similar to hypoxia. The impact of HIF-1α lies in the search for new strategies such as hydrolase inhibitors to combat prevalent diseases, including anemia and cardiovascular diseases These compounds promote the expression of vascular endothelial growth factor (VEGF), a cardioprotective agent with potential use in pre- and post-conditioning therapy, cardiac hypertrophy and heart failure.

Streptococcus agalactiae bacteremia in non-pregnant adult patients at two teaching hospitals / Bacteriemia por Streptococcus agalactiae en pacientes adultos y mujeres no embarazadas de dos hospitales universitarios

Streptococcus agalactiae or group B streptococcus (GBS) is a frequent pathogen in immunocompromised adults. The aim of this study was to determine the relative frequency, clinical presentation, antimicrobial susceptibility profile, and risk factors associated with GBS bacteremia in non-pregnant adult patients. We conducted a retrospective analysis of blood cultures performed in two hospitals between the years 2009-2013. From 1110 bacteremia episodes, 13 were caused by GBS, all of which were susceptible to ampicillin. GBS bacteremia was more frequent in females and in patients older than 60 years of age. The most frequent comorbidities were chronic kidney disease, cardiac failure and neoplasia. History of appendectomy was detected in 53.8% of the patients, being the most relevant comorbidity for GBS bacteremia in the multivariate analysis (OR 4.13, p = 0.012). The main presentations were primary bacteremia and soft tissue infection. GBS bacteremia was infrequent in our institution, and a history of appendectomy might be related to bacteremia occurrence.

Streptococcus agalactiae o estreptococo del grupo B (SGB), es un patógeno frecuente en adultos inmunocomprometidos. El objetivo de este trabajo fue determinar la frecuencia relativa, formas de presentación, susceptibilidad antimicrobiana y factores de riesgo asociados a la bacteriemia por SGB en pacientes adultos y mujeres no embarazadas. Se realizó un análisis retrospectivo de hemocultivos en 2 hospitales entre 2009-2013. De un total de 1.110 episodios de bacteriemia, 13 fueron causadas por SGB, siendo todos los aislamientos sensibles a ampicilina. Fue más frecuente en mujeres y en pacientes mayores de 60 años. Las comorbilidades más frecuentes fueron enfermedad renal crónica, insuficiencia cardíaca y neoplasias. El 53,8% de los casos tenía antecedente de apendicectomía previa, siendo la comorbilidad más relevante según el análisis multivariado (OR: 4,13; p = 0,012). Se presentaron principalmente como bacteriemia primaria e infección de tejidos blandos. La bacteriemia por SBG fue infrecuente en nuestro medio y el antecedente de apendicectomía podría relacionarse al desarrollo de la misma.

Molecular Identification of Potyviruses Infecting Potato Plots in Eastern Antioquia (Colombia) / Identificación molecular de potyvirus infectando cultivos de papa en el oriente de antioquia (colombia)

RESUMEN Los potyvirus son uno de los grupos de virus más limitantes en los cultivos de papa (Solanum tuberosum y S. phureja) en el mundo, siendo PVY, PVV y PVA las especies más prevalentes. En este trabajo se evaluó la presencia de estos potyvirus en cuatro lotes de S. tuberosum cv. Diacol-Capiro y cuatro lotes de S. phureja cv. Criolla-Colombia ubicados en el oriente de Antioquia, analizando la cápside viral mediante RT-PCR/secuenciación Sanger y secuenciación de nueva generación (NGS) para S. tuberosum. Los resultados indicaron la ocurrencia de los potyvirus PVY y PVV en las muestras de S. tuberosum y S. phureja, respectivamente; siendo detectadas mediante cebadores específicos la presencia de tres diferentes cepas de PVY (PVYN, PVYNTN y PVY°) en la región de estudio. Este hallazgo fue confirmado por NGS, obteniendo las secuencias completas de los genomas de estas tres cepas, lo que representa el primer reporte de PVYO en Colombia. Por su parte, los análisis de secuencias de la región CP de PVV indicaron niveles de identidad superiores a 99% con respecto a aislamientos del linaje PVVPhu reportado previamente en Antioquia. Estos hallazgos evidencian la necesidad de ajustar los sistemas de detección de virus en los programas de certificación de tubérculo-semilla de papa adelantados en el país.

ABSTRACT Potyviruses are one of the most limiting viruses for the potato (Solanum tuberosum and S. phureja) production worldwide, being PVY, PVV and PVA the most prevalent species. In this work, we tested the presence of these viruses in four commercial S. tuberosum cv. Diacol-Capiro and S. phureja cv. Criolla-Colombia plots in eastern Antioquia using RT-PCR and Sanger sequencing of the coat protein (CP) region, as well as next generation sequencing (NGS) for S. tuberosum samples. Our results revealed the presence of a PVV strain infecting S. phureja with high sequence identity (>99%) to lineage PVVPhu previously reported in Antioquia. Three strains of PVY (PVYN, PVYNTN and PVY°) were found to infect S. tuberosum. The presence of these three PVY strains was confirmed by NGS, allowing the assembly of their complete genomes. This is the first report of the full genome sequence of PVYo strain in Colombia. These findings highlight the need to adjust the tuber-seed certification programs currently implemented in the country.

SECUENCIACIÓN DEL GENOMA COMPLETO DEL Potato yellow vein virus (PYVV) EN TOMATE (Solanum lycopersicum) EN COLOMBIA / Genome Sequencing of Potato yellow vein virus (PYVV) Strain Infecting Solanum lycopersicum in Colombia

RESUMEN Potato yellow vein virus (PYVV), es uno de los fitopatógenos más limitantes para la producción de papa en la región de Los Andes. A pesar que se le ha detectado infectando tomate en Colombia, el conocimiento de las características biológicas de las cepas presentes en este hospedante es muy limitado. En este estudio, utilizando secuenciación masiva de nueva generación (NGS), se obtuvo la secuencia completa de los tres segmentos genómicos del PYVV en plantas de tomate en Marinilla (Antioquia) y se evalúo la utilidad de tres juegos de cebadores para su detección mediante pruebas de RT-PCR convencional y en tiempo real (RT-qPCR). El genoma de la secuencia consenso presentó tamaños de 8043 nt (ARN1), 5346 nt (ARN2) y 3896 nt (ARN3) y se identificaron los diez ORF previamente reportados en este virus, aunque, en general, éstos presentaron menores niveles de identidad que los registrados entre cepas de PYVV de papa. Análisis de variación y de selección identificaron dos regiones en los ORF MET/HEL y CPm que presentan selección positiva, lo que podría estar asociado a la adaptación por hospedante. Los tres juegos de cebadores amplificaron las regiones esperadas de la cápside de PYVV, siendo posible identificar, por diferencias en valores de temperatura de fusión (Tm) y por secuenciación Sanger, la ocurrencia de al menos dos variantes principales de este virus en el Oriente Antioqueño, lo que concuerda con los niveles moderados de polimorfismos encontrados en las secuencias obtenidas por NGS.

ABSTRACT Potato yellow vein virus (PYVV) is one of the most important pathogens of potato in the Andean region. In spite of having been detected in tomato crops in Colombia, knowledge on the biological characteristics of PYVV is limited on this host. In this study, next-generation sequencing (NGS) of a PYVV strain infecting tomato in Marinilla District (Antioquia) was performed; additionally, three primer set useful in RT-PCR and RT-qPCR detection were also tested. The consensus genome consisted of three RNA segments of 8043 nt (RNA1), 5346 nt (RNA2) and 3896 nt (RNA3) encoding ten ORF with slight lower sequence identity in relation to PYVV isolates from potato. Sequence analysis suggests the presence of regions potentially undergoing positive selection in the ORFs coding for MET/HEL and CPm possibly as a result of host adaptation. Experimental validation of primers resulted in amplicon with the expected size while melting temperature analysis and sequencing suggest the presence of at least two PYVV infecting S. lycopersicum in east Antioquia in agreement with the NGS data.

CARACTERIZACIÓN MOLECULAR DEL Potato virus V (PVV) INFECTANDO Solanum phureja MEDIANTE SECUENCIACIÓN DE NUEVA GENERACIÓN / Molecular Characterization of Potato virus V (PVV) Infecting Solanum phureja Using Next-Generation Sequencing

Las enfermedades virales son uno de los problemas más limitantes para la producción de papa en el mundo. Uno de los materiales de papa más susceptibles a los virus corresponde a Solanum phureja; sin embargo, en Colombia son pocos los estudios adelantados sobre los agentes causales que lo afectan. En este trabajo se realizó una caracterización molecular del Potato virus V (PVV) infectando plantas de S. phureja en Antioquia, utilizando métodos de secuenciación de nueva generación (NGS), pruebas de DAS-ELISA, RT-PCR en tiempo real (RT-qPCR) y RT-PCR convencional. Los resultados indican la ocurrencia de niveles muy variables de incidencia del virus entre lotes de cultivo (6,7 % a 86 %). El PVV tiene un genoma de 9828 nt que codifica para una poliproteína de 3066 aa y presenta dos variantes principales (Var_A y Var_B) en proporciones de 72 y 28 %. Estas variantes comparten altos niveles de identidad genética (99,7 % en todo el genoma) entre ellas y con respecto a la cepa PVV-Phureja reportada en Colombia, pero no con otras cepas del mundo (82-83 %). Con base en dichos genomas, se diseñaron y evaluaron en muestras foliares de S. phureja, dos pares de cebadores para la detección del virus en pruebas de RT-PCR (459 pb) y RT-qPCR (89 pb, Ct=12,08-21,86 y Tm= 78,7°C-80,2 °C), confirmándose la presencia de este virus en tejidos sintomáticos y asintomáticos de papa criolla. La ocurrencia generalizada de PVV en los cultivos de S. phureja indica la necesidad de incorporar en los programas de certificación de tubérculos-semilla de S. phureja en Colombia el diagnóstico de este virus.

Viral diseases are one of the most limiting problems in the production of potato worldwide. Solanum phureja constitutes one of the most susceptible materials to viral diseases in Colombia; however, there are few studies on viruses infecting this crop. In the current study, we performed a molecular characterization of Potato virus V (PVV) that infects S. phureja, using different potato plots located in the province of Antioquia, using Next-Generation Sequencing (NGS), DAS-ELISA, real time RT-PCR (RT-qPCR) and RT-PCR. Results revealed variable levels of incidence among plots (6.7 %-86 %) and the presence of two slightly different variants (Var_A and Var_B) present in approximately 72 %:28 % ratio. These PVV strains have a genome of 9828 nt codifying for a polyprotein of 3066 aa and share high nucleotide sequence identity (99,7 % in their complete genome) with respect to PVV-Phureja, recently described in Colombia, but are very divergent with respect to currently available PVV genomes (82-83 %). The genome information was used to design two sets of primers, useful in the specific detection of this virus in S. phureja leaf samples through RT-PCR (459 bp) and RT-qPCR (89 bp, Ct=12.08-21.86; Tm=78.7 °C-80.2 °C). This study underscores the importance of including diagnostics of PVV in S. phureja tuber-seed certification programs in Colombia.

Detección serológica y molecular del Potato virus X (PVX) en tubérculos-semilla de papa (Solanum tuberosum L. y Solanum phureja Juz. & Bukasov) en Antioquia, Colombia / Serological and molecular detection of Potato virus X (PVX) in seed potato tubers (Solanum tuberosum L. and Solanum phureja Juz. & Bukasov) from Antioquia, Colombia

El Potato virus X (PVX) es uno de los virus más limitantes del cultivo de la papa en el mundo. Es transmitido solamente por contacto y por tubérculo-semilla. Su control se fundamenta en la siembra de tubérculos certificados por su sanidad viral y en la disponibilidad de metodologías de diagnóstico altamente sensibles. En este trabajo se evaluó la prevalencia del PVX en cuatro diferentes tejidos de tubérculos de Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro y S. phureja var. Criolla Colombia utilizando pruebas de DAS-ELISA para 128 submuestras y de RT-qPCR para 32 grupos de submuestras (4 submuestras/grupo). Los resultados de las pruebas serológicas indicaron la presencia de PVX en el 6,25 y 50% de las submuestras analizadas para la variedad Diacol-Capiro y Criolla Colombia, respectivamente; mientras que los niveles de prevalencia del PVX utilizando la detección por RT-qPCR fueron del 93,75%, independientemente de la variedad de papa y del tejido evaluado. Los valores promedio del ciclo umbral (Ct) en las RT-qPCR fueron de 25,6 (Ct=18,02 a 34,49) y el análisis de las curvas de desnaturalización permitió identificar dos variantes del virus con valores de Tm de 79,5±1°C y 83,7±1°C. La secuenciación de los amplicones obtenidos por RT-qPCR para los controles positivos y para dos de las muestras, confirmó su naturaleza viral. Estos resultados señalan unos muy altos niveles de prevalencia de PVX en el material de siembra de papa en Antioquia y la necesidad de fortalecer los programas de certificación de semilla con pruebas de detección como RT-qPCR.

Potato virus X (PVX) is one of the most important virus affecting potato crops worldwide. The virus is only transmitted mechanically and through tuber-seeds. Control of PVX is based on the usage of certified tubers, which in turn depends on the availability of sensitive diagnostic tests that allow its direct detection on seeds. In this work, the prevalence of PVX in four different tuber tissues of Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro and S. phureja var. Criolla was evaluated using DAS-ELISA (128 subsamples) and RT-qPCR (4 subsamples per group). DAS-ELISA revealed the presence of PVX in 6.25 and 50% of Diacol-Capiro and Criolla Colombia subsamples; in contrast, RT-qPCR detected PVX in 93.75% of the samples independent of the potato variety or type of tissue. Ct values were in the 18.02 to 34.49 range with a mean value of 25.6. Melting curve analysis allowed the identification of two virus variants with Tm values of 79.5±1°C and 83.7±1°C. Sanger sequencing of the positive controls and two of the samples confirmed RT-qPCR amplicons to be PVX. These results reveal a high level of prevalence of PVX in potato tuber seeds used in Antioquia and the need to strengthen seed certification programs in Colombia through RT-qPCR detection assays.

ANÁLISIS FILOGENÉTICO Y VARIABILIDAD MOLECULAR DEL Potato virus X (PVX) EN CULTIVOS DE PAPA DE ANTIOQUIA / Phylogenetic Analysis and Molecular Variability of Potato virus X (PVX) in Potato Crops of Antioquia

En este estudio se determinaron las relaciones filogenéticas y los niveles de variación de aislamientos de PVX obtenidos en tejidos foliares de plantas de Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro y S. phureja var. Criolla Colombia en Antioquia, utilizando métodos de secuenciación de nueva generación (NGS) y de Sanger. Inicialmente, se detectó el PVX mediante DAS-ELISA (Agdia-PSA10000), confirmándose su presencia en ocho de las muestras por Inmunocaptura-RT-PCR en tiempo real (IC-RT-qPCR). Los resultados de las pruebas serológicas indicaron la infección de PVX en 14,7 % y 13,3 % de las muestras de Diacol-Capiro y Criolla Colombia, respectivamente. Su identidad fue confirmada por IC-RT-qPCR, con valores de ciclo umbral (Ct) de 15,04 a 27,59 y dos temperaturas de fusión (Tm) (Tm1 = 80,3 °C ± 0,5 y Tm2 = 83,3 °C ± 0,5), encontrándose así dos variantes de PVX en Antioquia. Utilizando NGS se detectó el PVX en bajos niveles de infección en las muestras de Criolla Colombia, siendo posible obtener contigs parciales para todos los ORFs del genoma viral. Con NGS no se detectó el virus en las muestras de Diacol-Capiro evaluadas. Los análisis filogenéticos realizados con base en secuencias de cápside y replicasa viral separaron los aislamientos de PVX de Antioquia en dos grupos, relacionados con el clado Eurasiático (I) de este virus. Los altos niveles de infección de PVX detectados en los cultivos de papa de Antioquia y la ocurrencia de al menos dos variantes, enfatizan en la necesidad de fortalecer los programas de certificación de tubérculos-semilla de papa, como principal herramienta para el control de este virus.

In this study, the phylogenetic relationships and molecular variability of PVX isolates from leaf samples of Solanum tuberosum subsp. andigena var. Diacol-Capiro and S. phureja var. Criolla Colombia in Antioquia were analyzed. Sequences were obtained using Next Generation Sequencing (NGS) of bulk samples and Sanger sequencing. DAS-ELISA (Agdia-PSA10000) revealed infection levels of 14.7 % and 13.3 % leaf samples of Diacol-Capiro and Criolla Colombia, respectively. The presence of PVX was further confirmed by IC-RT-qPCR in eight samples, which resulted in Ct values in the 15.04-27.59 range and two melting temperatures (Tm1 = 80.3 °C ± 0.5 and Tm2 = 83.3 °C ± 0.5). These results suggest the presence of at least two PVX variants in Antioquia. Using NGS, PVX was detected at low levels in leaf samples of Criolla Colombia, which resulted in contigs for most ORFs of the viral genome; NGS did not detect PVX in Diacol-Capiro samples. Phylogenetic analysis using capsid and replicase sequences separated PVX isolates into two groups within the Eurasian class (I). The high levels of PVX infection detected in potato crops in Antioquia and the presence of at least two variants highlight the need to strenghten current tuber seed certification programs aimed at controlling the spread of this virus.

IDENTIFICACIóN MOLECULAR DE HONGOS AISLADOS DE TEJIDOS DE FRíJOL CON S͍NTOMAS DE ANTRACNOSIS / Molecular Identification of Fungi Isolated from Bean Tissues with Anthracnose Symptoms

En este estudio se realizó el aislamiento de hongos en tejidos foliares y vainas de fríjol con síntomas de antracnosis, procedentes de cultivos de diferentes municipios del departamento de Antioquia (Colombia). La identificación de los aislamientos se realizó con base en la secuenciación de las regiones ITS del ADN ribosomal y se confirmó por observación microscópica de estructuras reproductivas en aquellos aislamientos que esporulaban en medios de cultivo. En todas las muestras sintomáticas, se logró el aislamiento del agente causal de la antracnosis, .Colletotrichum lindemuthianum, siendo confirmada su identidad por PCR dúplex con cebadores específicos CD1/CD2 y CY1/CY2. En adición se obtuvieron 17 hongos endófitos, 14 de los cuales no esporularon en medio de cultivo (.Myceliasterilia), siendo identificados mediante análisis filogenéticos de regiones ITS como miembros de los Ascomycetes .Leptosphaerulina (tres aislamientos), .Diaporthe (tres aislamientos), .Gibberella (un aislamiento), .Plectosphaerella (un aislamiento) y .Biscogniauxia (un aislamiento); y de los géneros mitospóricos: Phoma (dos aislamientos), .Alternaria (dos aislamientos) y .Stemphylium (un aislamiento). Los tres hongos restantes se identificaron con base en caracteres morfológicos y secuenciación como miembros de los géneros Fusarium (dos aislamientos) y de la especie Curvularia lunata (un aislamiento). Este estudio aumenta el conocimiento de la micobiota de leguminosas, como base para el desarrollo de estudios futuros que permitan evaluar el efecto de estos hongos sobre el desarrollo de enfermedades como la antracnosis y de otros problemas bióticos y abióticos del cultivo del fríjol.

In this work, endophytic fungi from leaves and pods of bean presenting anthracnose symptoms were isolated from plants collected at different municipalities in the province of Antioquia (Colombia). Isolates were identified by sequencing the rDNA ITS regions together with the examination of reproductive structures during sporulation in culture media.Colletotrichum lindemuthianum, the causal agent of anthracnose was isolated in all samples showing symptoms of this disease. These results were confirmed by duplex PCR using the specific primers CD1/CD2 and CY1/CY2. Additionally, 17 endophytic fungi were obtained. Fourteen isolates did not sporulate in culture media (.Myceliasterilia) but were identified by phylogenetic analysis of the ITS regions as the Ascomycetes: .Leptosphaerulina (3), .Diaporthe (3), .Gibberella (1), .Plectosphaerella (1) and .Biscogniauxia (1) and the mitosporic genera Phoma (2), .Alternaria (2) and .Stemphylium (1). Three isolates were identified combining morphological and molecular analysis as Fusarium (2) and Curvularia lunata (1). This work increases our knowledge of the mycobiota of legume plants and will serve as support of future studies aimed at determining the effect of these fungi on the development of anthracnose as well as other problems affecting the bean crop.

Factores asociados al nivel de Expectativa de Inserción Laboral en estudiantes de medicina de las universidades del norte del país / Factors Associated with the level of expectation of job placements in medical students at the universities of northern country. 2011

Objetivo: Identificar los aspectos que intervienen en las expectativa de Inserción laboral tienen los estudiantes de medicina de las universidad del norte del país. Materiales y Métodos: se realizó un estudio en una muestra de 443 estudiantes de las universidades participantes en el estudio, que fueron distribuidos por muestreo por conglomerado bietápico por universidad de procedencia y año de estudio, a los que se les brindó el cuestionario: Expectativas de Inserción Laboral en estudiantes universitarios para ser llenados por ellos. Resultados: Las edades comprendieron entre 16 y 34, con la media y desviación estándar de 20,37 ± 2,76, 50,8% sexo masculino, un 77,5 % procede de una universidad particular, un 66,6% de la población estudiada tiene intención de migrar fuera del país; en la evaluación de las expectativas de inserción laboral el 26% presento un nivel de expectativas de inserción laboral altas, estando estas asociadas con ser alumno de quinto año, tener familiares que laboren en otras ciencias de la salud; tener pasaporte; dominar inglés; y haber realizado una rotación en el extranjero, constituyéndose además como factores que ayuden a tener expectativas altas, no encontramos estudios en los que se hayan evaluado aspectos similares a los presentados en el presente estudio por lo que estos hallazgos no pudieron ser contrastados con otras fuentes científicas. Conclusión: Las expectativas de inserción laboral fueron calificadas como bajas en la mayor parte de la población estudiada.